Atribuciones del Secretario General
Según el Protocolo de Tegucigalpa en el artículo 26 las atribuciones de la Secretaria General son las siguientes:
  1. Representar al Sistema de la Integración Centroamericana en el ámbito internacional de conformidad a lo establecido en el presente Protocolo y cuando le sea encomendado por el Consejo de Ministros;

  2. Ejecutar o coordinar la ejecución de los mandatos que deriven de las Reuniones de Presidentes, Consejos de Ministros y Comité Ejecutivo;

  3. Elaborar el Reglamento Administrativo y otros instrumentos de la Secretaría General y someterlo a la consideración del Comité Ejecutivo;

  4. Gestionar y suscribir, previa aprobación del Consejo de Ministros competente, instrumentos internacionales enmarcados en el ámbito de sus competencias de conformidad a los principios y propósitos del presente Instrumento;

  5. Gestionar ante Estados, grupo de Estados, organismos y otros entes internacionales, la cooperación financiera y técnica necesaria para el buen funcionamiento del Sistema de la Integración Centroamericana y el logro de los objetivos Centroamericanos, y en tal sentido, suscribir contratos, convenios y aceptar donaciones y otros aportes extraordinarios;

  6. Formular su programa de labores, elaborar su informe anual de actividades y el proyecto de presupuesto, los cuales presentará al Comité Ejecutivo;

  7. Participar con voz en todos los órganos del Sistema de la Integración Centroamericana, actuar como la Secretaría permanente de las Reuniones de Presidentes, asegurando también los servicios de Secretaría y los servicios técnicos y administrativos que fueran necesarios;

  8. Velar por el cumplimiento de las disposiciones de este Protocolo y de sus instrumentos derivados y complementarios y por la ejecución eficaz de las decisiones de las Reuniones de Presidentes y del Consejo de Ministros, por todos los organismos e instituciones de integración. A este efecto, el Secretario General se podrá reunir con dichos organismos e instituciones, cuando lo estime oportuno o por indicación del Comité Ejecutivo;

  9. Gestionar ante los Estados Miembros el efectivo aporte correspondiente al Presupuesto Ordinario y los extraordinarios si los hubiere;

  10. Nombrar y remover el personal técnico y administrativo de la Secretaría General de conformidad al Reglamento respectivo y tomando debidamente en cuenta un criterio proporcional de representación de las nacionalidades de los Estados Miembros;

  11. Llamar la atención de los órganos del Sistema sobre cualquier situación que, a su juicio, pueda afectar el cumplimiento de los propósitos o de los principios del Sistema o amenazar su ordenamiento institucional.

  12. Ejercer las demás atribuciones que le confiere el presente Protocolo o que le asignen los órganos superiores y las que resulten de sus instrumentos complementarios o derivados.