El edificio principal del SICA, sede de la Secretaría General y otras secretarías, y programas del Sistema, fue construido en un terreno con una extensión superficial de 9,919.31 m2, otorgado en comodato por el Gobierno de la República de El Salvador. Fue financiado con fondos otorgados por el Gobierno de la República de China (Taiwán).

El edificio fue diseñado bajo un concepto moderno en el cual se funde la cultura centroamericana, acorde a los retos integracionistas de la época actual, representando una solución funcional y moderna.

El ingreso para visitantes al edificio, se hace a través de una entrada de corte renacentista que evoca a “La Casona” antiguo edificio, donde se iniciaron los esfuerzos integracionistas de la región, con la ODECA; desemboca en una amplia plaza de banderas que forma el vestíbulo natural para todo el complejo y especialmente para el edificio.

A la fachada del edificio se procuró darle una identidad propia de la función de la SG-SICA, que tiene que ver con el área Centroamericana y con el trabajo que realiza para la integración de la región. La fachada sur se diseñó con vidriera total del tipo conocido como muro cortina, el cual permite se vea por fuera solamente el vidrio reflectivo de un color verde tropical que sugiere el color del trópico Centroamericano; al centro del muro cortina se ubica un vitral decorativo multicolor, con un diseño alusivo a la integración centroamericana y que se constituye en la pieza arquitectónica y artística principal del edificio.

Este vitral escalonado se abre hacia un vestíbulo interior que conforma el centro del edificio. El escalonamiento de este mural de color, sugiere el elemento arquitectónico escalonado de las pirámides ancestrales de la región. La fachada norte que encara el Bulevar Monseñor Romero, consta de un vitral en forma de un pequeño cubo al nivel de la entrada principal, para conformar un vestíbulo.

El diseño de los vitrales estuvo a cargo del artista centroamericano Fernando Llort Choussy, pintor, escultor y muralista, quien diseñó los vitrales para fomentar los ideales y valores integracionistas y que se tiene previsto, constituyan la forma más trascendente de proyectar al SICA y su imagen a nivel regional e internacional.

Los vitrales muestran en su diseño en una forma ascendente la unión de las diversas culturas que componen la historia centroamericana, su flora y fauna y el color del trópico centroamericano, así como el trabajo y la esperanza de la integración de Centroamérica como una Región de Paz, Libertad, Democracia y Desarrollo.

La nueva sede del SICA, la Casa de Centroamérica, fue inaugurada en el mes de julio de 2011, por los Jefes de Estado y de Gobierno de los Países Miembros del SICA.