Las resoluciones y los acuerdos emanan de dos fuentes: la Reunión de Presidentes y el Consejo de Ministros de Educación y Cultura de Centroamérica, que conforma a la CECC. A la SG-CECC le corresponde ejecutarlos, para lo cual recurre, primordialmente, a funcionarios y especialistas de los Ministerios de Educación y de los Ministerios y las Direcciones de Cultura, así como al apoyo técnico y administrativo de los respectivos Despachos, lo cual ha hecho posible la no burocratización de la SG-CECC, y al amplio apoyo político para el éxito de los programas, proyectos y acciones de la CECC.

Los proyectos son preparados en Reuniones T écnicas, por representantes de los siete países, y sometidos a conocimiento de los Ministros y Directores, en sus Reuniones Ordinarias y Extraordinarias, los que una vez aprobados se presentan a la comunidad internacional cooperante para su financiamiento. La ejecución, en su fase inicial, es coordinada por la SG-CECC con cada país. Luego, el país asume todas las responsabilidades del caso y la SG-CECC, acciones de monitoreo.

La SG-CECC, trimestralmente, presenta informes verbales y económicos al país o agencia que ha financiado un proyecto determinado, ya sea porque así lo solicitan o por iniciativa propia como una forma de rendición de cuentas.

El siguiente diagrama presenta la manera que la Coordinación Educativa y Cultural Centroamericana (CECC) se encuentra estructurado actualmente.