- La SIECA fue creada por el Tratado General de Integración Económica Centroamericana, suscrito en la ciudad de Managua, Nicaragua, el 13 de diciembre de 1960. De conformidad con el artículo XXIII de ese instrumento, la SIECA es una persona jurídica, con sede en la ciudad de Guatemala, República de Guatemala. Con la suscripción del Protocolo de Tegucigalpa, el 13 de diciembre de 1991, se establece que la Secretaría que se ocupará de los asuntos económicos será la Secretaría Permanente del Tratado General de Integración Económica Centroamericana (SIECA) la cual conservará la personería jurídica, atribuciones y funciones que le asigna dicho tratado. Establece además, que la SIECA informará de sus actividades a la Secretaría General, a fin de promover el desarrollo armónico y equilibrado, de los aspectos económicos, con los aspectos políticos, sociales y culturales, en la perspectiva de la integración global de la región centroamericana. Posteriormente, el 19 de octubre de 1993, se suscribe el Protocolo al Tratado General de Integración Económica Centroamericana (Protocolo de Guatemala) que regula a la SIECA como el órgano técnico y administrativo del proceso de integración económica centroamericana, de los órganos que no tengan una Secretaría específica.

La SIECA estará a cargo de un Secretario, nombrado por el Consejo de Ministros de Integración Económica, para un periodo de 4 años, siguiendo el procedimiento establecido en el Reglamento para la Elección de los Titulares de la Institucionalidad del SICA.

- De conformidad con el artículo 44 del Protocolo de Guatemala, a la SIECA le corresponde: - Velar, en el ámbito regional, por la correcta aplicación de dicho Protocolo y de los demás instrumentos jurídicos de la integración económica; Velar por la ejecución de las decisiones de los órganos del Subsistema de Integración Económica - Realizar los trabajos y estudios que los órganos del Susbsistema de Integración Económica le encomienden; - Cumplir con las funciones que le asigne el Consejo de Ministros de Integración Económica o su Comité Ejecutivo; y - Ejercer su capacidad de propuesta en materia de integración económica. La SIECA también es Secretaría de Consejo de Ministros de Transporte de Centroamérica COMITRAN.

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