La Secretaría Ejecutiva del COMISCA (SE-COMISCA), es el Órgano rector de coordinación ejecutivo-administrativo, que surge con la finalidad de fortalecer y garantizar el adecuado funcionamiento de COMISCA; esta se encuentra representada por el Secretario Ejecutivo que se encarga de la atención al COMISCA, además funge como Secretario Técnico del RESSCAD y de los consejos Directivo y Consultivo del INCAP. Esta surge en el Marco de de la Reunión Extraordinaria de Ministros de Salud de Centroamérica y República Dominicana, llevada a cabo en San Salvador, El Salvador el 10 de Septiembre de 2007.

La SE-COMISCA nace con la misión de Apoyar al COMISCA en la consolidación de su función rectora de la salud regional, articulándolo con las instancias e instituciones de la Integración que inciden directa o indirectamente en la salud de la población, con énfasis en el sector Salud Regional, a fin de que las dirija y conduzca hacia una gestión integrada, armonizada,, eficaz y eficiente, en torno a una agenda sanitaria Regional que garantice la Protección y mejoramiento de la salud de la población.

Esta además tiene como visión ser una instancia aliada de los diferentes actores clave del sector Salud Regional, coadyuvante del cumplimiento de sus competencias, de forma que asegure su articulación y coordinación en el marco de la Integración Regional y de éste con los otros sectores regionales y extra-regionales, y con los cooperantes internacionales, alrededor de una agenda sanitaria regional focalizada en los determinantes de la salud; liderada, concertada y conducida por el COMISCA.

Como objetivo estratégico General la Secretaría Ejecutiva de COMISCA busca contribuir a proteger y mejorar, con equidad, el nivel de salud de la población de la región. Como Objetivos Específicos, la Secretaría Ejecutiva busca:

1. Posicionar la Salud en las agendas de desarrollo de la región al más alto nivel político.
   
   
2. Articular, coordinar y facilitar la toma de decisiones del COMISCA con otras instancias regionales y extra-regionales para complementarse, evitar duplicidades y llenar vacíos de intervención.
   
   
3. Aportar mayor valor político-estratégico a las iniciativas regionales de salud, que motiven a participar a las máximas autoridades de las instituciones del Sector Salud Regionales el marco de una agenda sanitaria regional.
   
   
4. Facilitar la movilización de recursos financieros y no financiero.
   
   
5. Ofrecer a los ministros de Salud y a los jerarcas de las instituciones que conforman el sector Salud Regional, alternativas de inducción organizacional político-estratégica sobre: la temática en salud, antecedentes de integración de la salud, experiencias y lecciones aprendidas, así como estimular procesos de autoaprendizaje.
   
   
6. Ofrecer a los gobiernos apoyo para la incorporación de Prioridades de la agenda sanitaria regional en las agendas nacionales y para la formulación de proyectos orientados a implementarlas.

Las actuaciones y decisiones de los funcionarios de la SE-COMISCA y de sus funcionarios se orientan por los siguientes valores:

• Salud como cultura de vida y objetivo del desarrollo: Salud como movilizador de voluntades políticas,
  
  
• Efectividad: Coordinación, harmonización, priorizacion, integridad y equidad.
  
  
• Regionalismo: Cultura integracionista, respeto a la pluralidad y reconocimiento de los diferentes niveles de desarrollo de los países de la región.

• Resolución Única Reunión Extraordinaria del COMISCA
• Secretario Ejecutivo