El SICA posee como objetivo fundamental la realización de la Integración Centroamericana para constituir una región de paz, Libertad, Democracia y Desarrollo, sustentada firmemente en el respeto, tutela y promoción de los Derechos Humanos.
En 1991 se dio inicio a un proceso que reforzó las iniciativas de cooperación y colaboración mutua entre los diferentes sectores de los Estado Centroamericanos: La Creación del Sistema de Integración Centroamericana (SICA), este se constituye como el Marco Institucional de la Integración Regional de los Estados del Istmo Centroamericano, que, mediante la suscripción del Protocolo a la carta de la Organización de Estados Centroamericanos (ODECA) o también conocido como Protocolo de Tegucigalpa, dio paso a la reforma de la carta de la ODECA, suscrita el 12 de Diciembre en Panamá de 1962 y que dio como resultado funcionamiento formalmente de en SICA el 1º de Febrero de 1992.
El Consejo de Ministros de Salud de Centroamérica, COMISCA, tiene su génesis y razón de ser enmarcada jurídica e institucionalmente por la Declaración de San Salvador, el Protocolo de Tegucigalpa y el Tratado de la Integración Social de Centroamérica, TISCA, adoptados por los Presidentes de Centroamérica en la X Cumbre realizada del 15 al 17 de julio de 1991 en El Salvador, XI Cumbre ocurrida los días 12 y 13 de diciembre de 1991 en Honduras y la XVI Cumbre efectuada el 30 de marzo de 1995 en San Salvador, respectivamente.
Por lo tanto, COMISCA constituye la instancia política del Sistema de la Integración Centroamericana, SICA, que tiene como propósito la rectoría del Sector Salud Regional; la identificación y priorización de los problemas regionales de salud, que son abordados conjuntamente mediante la Agenda y el Plan Centroamericano de Salud; la determinación de problemas de salud que debido a su multicausalidad y la trascendencia socioeconómica, requieren ser elevados al conocimiento de la Cumbre de Presidentes para la búsqueda de soluciones intersectoriales; el impulso de iniciativas regionales de salud que necesitan de la cooperación internacional gestionadas por medio) del SICA; así como, el seguimiento, la ejecución y la evaluación de los acuerdos y las resoluciones emanadas de las Cumbres en las que participen los Presidentes de Centroamérica.
Es en el contexto del Tratado de Integración Social(TISCA) en donde el COMISCA surge e inicia su labor como órgano rector garante de la Salud regional. Bajo este Consejo se han desarrollado diferentes Foros y Reuniones para la creación de estrategias que permitan que dar respuesta a las necesidades relativas a la Salud de la Población Centroamericana. Después de más de dos décadas de trabajo, el COMISCA ha desempeñado un papel destacado en toda la región, hecho que le ha permitido erigirse como uno de los principales Consejos que está posibilitando la integración de los pueblos centroamericanos.
El COMISCA cuenta con una Secretaría Ejecutiva con sede en la Ciudad de San Salvador, El Salvador; la cual fue creada en Septiembre de 2007; gracias a la firma de Acta de cooperación entre la Secretaría General de la Integración Centroamericana(SG-SICA) y la Secretaría Ejecutiva del COMISCA(SE-COMISCA).
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